La microbiología alimentaria considera los eventos que involucran la alteración de los alimentos por acción de los microorganismos y enfocada desde el punto de vista sanitario, busca evitar las consecuencias que se producen por la falta de inocuidad en los alimentos con implicaciones en la salud de los consumidores.
Desde esta perspectiva, se podría afirmar que los alimentos pueden ser vehículos de microorganismos patógenos que pueden desencadenar infecciones o intoxicaciones y por esta razón se han desarrollado técnicas para llevar a cabo un control microbiológico de estos para minimizar así estos posibles riesgos.
En diversas ocasiones, la contaminación de los alimentos se debe a medidas higiénicas inadecuadas en la producción, preparación y conservación de estos; lo que facilita la presencia y proliferación de microorganismos que pueden poner en riesgo la salud humana.
Por esta razón, una de las actividades más importantes a llevar a cabo en las industrias alimentarias y lugares como restaurantes y hoteles, es la reducción de la contaminación mediante la implementación de Buenas prácticas de Manufactura, esto puede realizarse estableciendo programas prácticos para las personas involucradas en todas las etapas de producción de la cadena alimentaria (productores primarios y secundarios, manipuladores, transportadores, distribuidores, entre otros) que faciliten la ejecución de actividades enfocadas en la seguridad alimentaria.
Por todo lo anterior, es de vital importancia estandarizar los procedimientos de producción de alimentos, en sus buenas prácticas de fabricación y manipulación, evitando al máximo la presentación de contaminación cruzada responsable de generar enfermedades transmitidas por alimentos no inocuos que afecten la salud de los consumidores.